Possiamo definire la tracciabilità come uno strumento che permette di seguire un prodotto nella filiera, ne individua l'origine, raccoglie informazioni soprattutto qualificanti, da evidenziare con marchi, etichette o certificazioni. E' un intervento volontario dove sono i soggetti stessi di questa forma di autocontrollo a definirne le caratteristiche.

Per rintracciabilità possiamo intendere invece lo strumento che attua precise disposizioni sulla sicurezza alimentare e quindi va a soddisfare parametri ben definiti, esclusivamente di natura salutistica, omogenei a livello comunitario.

Il principio di precauzione è il cuore del regolamento e quindi la forma con cui sarà attuato sarà rappresentativo del modello di sicurezza alimentare europeo. L'Agenzia europea ha già fatto le sue scelte (vuole dare sicurezza) ed è quindi per l'attuazione rigorosa: è sufficiente la mancanza delle informazioni necessarie a dimostrare che un alimento (o un mangime, o una delle materie prime che lo compongono) sia salubre per sospenderne "provvisoriamente" la commercializzazione all'interno dell'UE con l'immediato ritiro dal mercato per i prodotti già distribuiti.

Anche se nel regolamento non si parla di HACCP, risulta essere uno strumento essenziale per la piena attuazione: se con la Rintracciabilità abbiamo la gestione dei rischi che rendono gli alimenti dannosi alla salute, per la gestione dei rischi che rendono i prodotti alimentari inadatti al consumo umano è essenziale l'HACCP.